《伽利略禁断的魔术》描写了“沉默的游行”4年前发生的事件。刑警草剃俊平和部下牧村朋佳来到帝都大学副教授汤川身边。在被杀害的自由撰稿人长冈修的房间里，突然发现了仓库墙壁上有个洞的奇怪视频文件。看了动画很少见地抱有兴趣的汤川。“让我看看拍摄影像的地方”，草剃一边注意着汤川不寻常的样子，一边和牧村一起前往现场。